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有的患者反复用药治疗，有的患者未经特殊治疗，也会出现乙肝病毒指标转阴，最常见的是“乙肝大三阳”转为“乙肝小三阳”或“乙肝小二阳”，有时甚至转为e抗体和核心抗体阳性。虽然病毒指标转阴了，患者的病情却越来越重，表现为疲乏劳累、腹胀纳差、面色萎黄或黝黑、肝掌、蜘蛛痣等加重;肝功能损害加剧，如转氨酶、黄疸反复升高，白蛋白明显下降，凝血机制恶化;影像学检查也提示病情向严重方向演变。
临床上也出现了这样的病例，有的患者经过反复用药治疗后，也出现了乙肝病毒指标的转阴，但患者反而出现了肝区不适、隐隐作痛、失眠多梦、倦怠乏力、食欲减退、恶心呕吐、厌油尿黄、腹胀腹泻、面色灰暗、发热、黄疸、肝功能损害加剧、凝血机制恶化等情况，这些转阴可能是病毒变异造成的。这种病毒变异导致的乙肝转阴，会导致医生对病情判断失误，它绝不是病情好转的标志。
由此可见，“乙肝转阴就是治好了吗”是一种错误的观点，患者不要因为乙肝转阴了就放弃治疗，不要被假象蒙蔽，一定要明确乙肝的治疗目标科学认识乙肝。虽然目前而言乙肝是无法治愈的，但能实现临床治愈，比较客观科学的乙肝疗效判定标准可分为以下两种：
1、现实目标【临床治愈】。血清生化指标如转氨酶、胆红素等恢复正常，临床症状明显改善或消失，血清中HBV-DNA转阴，且追踪观察一年以上无复发，即视为临床治愈。此类患者血中无完整的病毒颗粒，故传染低。肝脏损伤相对较轻，对于就业、升学及妊娠应无明显影响，可进行正常的社会活动，但仍应坚持复查，观察病情变化。
2、理想目标【病毒清除】。表现为血清中HBsAg阴转，血中及肝脏组织的HBV-DNA检查均为阴性，肝功能正常，无明显的临床症状，且追踪观察一年以上无复发。这是最理想的治疗目标，但由于没有特别有效的彻底清除乙肝病毒的药物，所以目前比较难达到，国际上也不以此作为乙肝治愈的标准。
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